2002年经北京市教委认定1个学科为北京市重点学科

二级学科北京市重点学科

•  100201 内科学（肾病）

2008年北京市教育委员会公布北京市重点学科名单（京教研[2008]4号文件），北京大学医学部共有4个学科被认定为北京市重点学科：

一级学科北京市重点学科

•  1001 基础医学

二级学科北京市重点学科

•  100201 内科学(传染病)

•  100210 外科学(普外)

•  100404 儿少卫生与妇幼保健学

根据北京市教育委员会、学位委员会“关于公布增列北京市重点学科名单的通知”（京教研【2010】14号），我校外国语言文学和神经病学分别被批准为2010年北京市一级和二级学科重点学科

二级学科北京市重点学科

• 100204 神经病学