原北京医科大学1988年经教育部审批的国家重点学科有11个：
生理学
病理解剖学
生物物理学
组织学与胚胎学
外科学(泌尿外)
妇产科学
儿科学
口腔科学(口病)
运动医学
麻醉学
生药学
2002年教育部重新评审国家级重点学科，北京大学医学部共有20个学科点被评为高等学校重点学科, 比原来有了很大进步，在全国医学院校中继续高居榜首。20个全国高校重点学科：
免疫学
病理学与病理生理学
神经生物学
药理学
药物化学
生药学
流行病与卫生统计学
生理学*
细胞生物学*
生物化学与分子生物学*
儿科学
口腔临床医学
精神病与精神卫生学
皮肤病与性病学
运动医学
眼科学
内科学(心血管、血液)
肿瘤学
妇产科学
外科学(骨外、泌尿外)
*与北京大学生命科学院联合申报
2007年8月，学校收到《教育部关于公布国家重点学科名单的通知》教研函[2007]4号文件。经过重点学科评估、增补、一级学科认定三个阶段工作，文件公布的国家重点学科名单中与医学部相关的情况如下：
国家重点学科：
一级学科共3个：
生物学 （生理学、生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学）
口腔医学（口腔临床医学、口腔基础医学）
药学（药物化学、生药学、药理学）
二级学科12个：
免疫学
病理学与病理生理学
内科学 （心血管、血液、肾病）
儿科学
精神病与精神卫生学
皮肤病与性病学
外科学 （骨外、泌尿外）
妇产科学
眼科学
肿瘤学
运动医学
流行病与卫生统计学
国家重点（培育）学科1个：
儿少卫生与妇幼保健学
